#.......# 
  S.......S 
   T.....E 
     R.Q 
      U 
     E.C 
   N.....T 
  C.......U 
  #.......R
   E.....E 
     S.S 
     
 

Последовательности и структуры

Страница представляет работы группы биоинформатиков отдела математических методов в биологии НИИ физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова.

В своих исследованиях биологических объектов и «живых систем» мы стараемся придерживаться подходов, которым учил нас И.М.Гельфанд, организовавший отдел и долгие годы руководивший им.

Наши проекты

Базы данных

  • NPIDB — база данных о структурах комплексов белков с нуклеиновыми кислотами.
  • Старая версия NPIDB
  • PLANdbAffy — база данных аннотаций чипов Affymetrix на уровне проб.

Сервисы и программы

  • CluD — сервис для нахождения гирофобных кластеров в пространственных структурах биологических макромолекул
  • ConClus — сервис для нахождения консервативных гидрофобных кластеров в структурах гомологичных белков
  • SVETKA — программа для анализа множественных выравниваний белков
  • Nhunt — оригинальная программа для поиска нуклеотидных последовательностей в нуклеотидных базах данных
  • NPG-explorer — программа для построения нуклеотидного пангенома набора геномов близкородственных прокариот
  • plot-hits — программа для совместной визуализации первичной аннотации генов и находок blast в в контигах сборки генома de novo
  • wLake — программа для нахождения консервативных молекул воды в совмещенных структурах белков
  • MALAKITE — программа для детектирования блоков достоверного выравнивания в данном множественном выравнивании последовательностей белков
  • Blocks_3d/pair-cores — программа для проверки множественного выравнивания последовательностей белков с известной пространственной структурой
  • ProtOn — сервисы для автоматического описания архитектуры и топологии белков классов all-β и α/β, в том числе, программа для построения карт β-листов, детекторы архитектуры и структурных мотивов.
  • Gcore — сервис для нахождения геометрического ядра семейства структур родственных белков
  • Lcore — сервис для нахождения геометрического ядра семейства структур родственных макромолекулярных комплексов
  • StructAlign — структурное выравнивание двух комплексов белков с ДНК
  • CBcalc — сервис для вычисления сдвига числа слов в геноме от ожидаемого; методы: марковская модель максимального порядка; по Певзнеру с соавторами; по Карлину с соавторами (рекомендуемый); по частотам нуклеотидов
  • MTpro — автоматическая классификация последовательностей ДНК метилтрансфераз по типу метилирования, последовательности консервативных мотивов и типу систем рестрикции-модификации
  • Мини-сервисы

Семейства белков

Другие проекты


Биоинформатический портал НИИ ФХБ имени А.Н.Белозерского МГУ

7 актуальных ссылок

SRS
EnsEMBL
Pfam
Hits
PDB
PDBsum
PubMed
Другие ссылки
Публикации
Участники группы
Новости