#.......# 
  S.......S 
   T.....E 
     R.Q 
      U 
     E.C 
   N.....T 
  C.......U 
  #.......R
   E.....E 
     S.S 
     
 

Последовательности и структуры

Станица представляет работы группы биоинформатиков отдела математических методов в биологии НИИ физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского Московского Государственного Университета.

Наши проекты

Базы данных

• NPIDB — база данных о структурах комплексов белков с нуклеиновыми кислотами.
• Старая весрсия NPIDB
• PLANdbAffy — база данных аннотаций чипов Affymetrix на уровне проб.

Сервисы и программы

• CluD — сервис для нахождения гирофобных кластеров в пространственных структурах биологических макромолекул
• ConClus — сервис для нахождения консервативных гидрофобных кластеров в структурах гомологичных белков
• SVETKA — программа для анализа множественных выравниваний белков
• Nhunt — оригинальная программа для поиска нуклеотидных последовательностей в нуклеотидных базах данных
• NPG-explorer — программа для построения нуклеотидного пангенома набора геномов близкородственных прокариот
• plot-hits — программа для совместной визуализации первичной аннотации генов и находок blast в в контигах сборки генома de novo
• wLake — программа для нахождения консервативных молекул воды в совмещенных структурах белков
• MALAKITE — программа для детектирования блоков достоверного выравнивания в данном множественном выравнивании последовательностей белков
• Blocks_3d/pair-cores — программа для проверки множественного выравнивания последовательностей белков с известной пространственной структурой
• ProtOn — сервисы для автоматического описания архитектуры и топологии белков классов all-β и α/β, в том числе, программа для построения карт β-листов, детекторы архитектуры и структурных мотивов.
• Gcore — сервис для нахождения геометрического ядра семейства структур родственных белков
• Lcore — сервис для нахождения геометрического ядра семейства структур родственных макромолекулярных комплексов
• StructAlign — структурное выравнивание двух комплексов белков с ДНК
• CBcalc — сервис для вычисления сдвига числа слов в геноме от ожидаемого; методы: марковская модель максимального порядка; по Певзнеру с соавторами; по Карлину с соавторами (рекомендуемый); по частотам нуклеотидов
• MTpro — автоматическая классификация последовательностей ДНК метилтрансфераз по типу метилирования, последовательности консервативных мотивов и типу систем рестрикции-модификации
• Мини-сервисы

Семейства белков

Другие проекты

7 актуальных ссылок