Under construction

MutL proteins from mismatch repair systems

Белок MutL - необходимый компонент системы репарации неканонических пар нуклеотидов («мисматчей») и небольших петель, получившая название MMR (от англ. mismatch repair system) [Iyer RR et al. Chem Rev 2006;Jiricny, J., Perspect. Biol. 5, 2013, GuarneA. Prog. Mol. Biol. Transl. Sci. 2012].
Белок MutL – слабая димерная ATPаза из семейства GHKL [Junetal., FEBSJ., 2006, 273, 1609]. Долгое время полагали, что основная роль MutL – координация белок-белковых взаимодействий в процессах узнавания повреждения и удаления фрагмента одной из цепей ДНК. Поэтому этот белок был исторически классифицирован как «молекулярный посредник» [SancarA, HearstJE. Science1993]. Однако открытие эндонуклеазной функции у эукариотического MutL? и впоследствии у бактериальных гомологов MutL из организмов, не содержащих ген белка MutH, привело к предположению о ключевой роли MutL в инициации репарации [Kadyrov, F.A. Cell 2006; Kadyrov, F.A. J. Biol. Chem 2007].
Были идентифицированы пять консервативных мотивов в C-концевом домене MutL, важных для эндонуклеазной активности белков MutL [Kosinski, J., et al., (2008), J. Mol. Biol., 382, 610–627.] Согласно работе [Banasik, M., and Sachadyn, P. (2014), Mutat. Res.,769, 69-79] они имеют номера XI, XII, XIV, XV, XVI
Эндонуклеазный мотив XII имеет наибольшее информационное содержание, что значит, что он может быть достаточно достоверно найден в последовательности MutL. Основываясь на этом мотиве мы определили две подгруппы прокариотических белков MutL. Подгруппа 1 содержит MutL, C-концевой домен которых с высокой достоверностью содержит мотив XII. Предположительно, эти белки обладают эндонуклеазной активностью
Подгруппа 2 содержит MutL, C-концевой домен которых не содержит последовательности, сходной с мотивом XII. Предположительно, эти белки не обладают эндонуклеазной активностью. Выравнивания белков этих двух групп представлено на этом сайте. Из выравниваний удалены последовательности, сходные 95% или более.
Подгруппа белков MuTL Число последовательностей Формат файла Ссылка для скачивания Замечания
Группа 1: выравнивание прокариотических белков MutL, имеющих эндонуклеазный мотив XII 1483 fasta Group-1 (motifXII YES) Последовательность ecMutL из Escherichia coli добавлена для сравнения
Группа 1: выравнивание прокариотических белков MutL, у которых полностью отсутствует эндонуклеазный мотив XII 309 fasta Group-2 (motifXII NO) Последовательность rsMutL из Rhodobacter sphaeroides добавлена для сравнения
Таксономия организмов в которых найдены представители MutL из Групп 1 и 2 2744 штаммов Excel Taxonomy.xlsx